Hijo del ex futbolista Mazinho, el pequeño de la saga de los Alcántara nació en Sao Paulo (Brasil), pero con apenas un año emigró junto a su familia a España para seguir de cerca la carrera futbolística de su progenitor, que recaló en el Valencia la temporada 1994-1995. Después llegaría el Celta de Vigo y el Elche. En total, siete años en los que Rafinha viviría de cerca lo que significa ser jugador de fútbol.

A los 13 años, el azulgrana ingresó en las categorías inferiores del FC Barcelona donde ya estaba su hermano Thiago. Etapa a etapa, el azulgrana fue creciendo como jugador hasta debutar la temporada 2010-2011 con el filial que entonces entrenaba Luis Enrique.

A caballo entre el Juvenil A y el Barça B, Rafinha fue demostrando su talento en la medular y se consagró como un medio ofensivo de calidad. Zurdo y con llegada al área desde la segunda línea, el brasileño se convirtió en un jugador fundamental en los esquemas de un técnico al que parece ligado su destino futbolístico ya que tres temporadas después coincidirían en el Celta.

Antes, sin embargo, a Rafinha le llegó el momento de debutar con el primer equipo. Fue en noviembre de 2011 y bajo las órdenes de Pep Guardiola, que lo utilizó en los 1/16 de final de la Copa ante el Hospitalet. Poco después debutaría en Champions League ante el Bate Borisov. Un partido especial para la familia Alcántara ya que, por primera vez, los dos hermanos coincidían sobre el terreno de juego luciendo la camiseta del primer equipo.

El centrocampista, sin embargo, no acabó de hacerse un hueco en el equipo y la temporada 2013-2014 acabó cedido al Celta de Vigo. Se reencontró con Luis Enrique, que le convirtió, de nuevo, en hombre clave de un conjunto que finalizó la temporada en novena posición. Rafinha, que se destapó como un buen asistente, disputó 32 partidos de Liga, 27 de ellos de titular. Acumuló experiencia en Primera y se ganó a pulso que Luis Enrique lo reclamara este verano para el FC Barcelona.

Esta temporada 2014-2015 le llega la hora de la verdad. Será su estreno oficial como miembro de la primera plantilla del FC Barcelona en un momento en el que el centro del campo azulgrana se encuentra en plena transición. Luis Enrique sabe de lo que es capaz el centrocampista de doble nacionalidad y es de esperar que sea un jugador importante en el primer año del asturiano en el banquillo del Camp Nou.

A nivel internacional, Rafinha destacó pronto para los observadores de la Federación Española de Fútbol, que contó con él en categorías inferiores. No obstante, y a diferencia de su hermano Thiago, el azulgrana optó con 20 años por jugar con la canarinha, que le convocó para la sub-20.