Inicio su carrera futbolística como jugador en el Oberena de Pamplona, para pasar al año siguiente al Club Atlético Osasuna. Tras tres exitosos años en 1967 y a cambio de 4 millones de pesetas y tres jugadores 2 de ellos en propiedad, Pedro Mari Zabalza llegaba al FC Barcelona procedente de Osasuna. Vivió seis temporadas en el club blaugrana, en las que participó en dos títulos de Copa. En 1968, contra el Real Madrid (1-0) en la popularmente conocida como la 'final de las botellas'. En 1971, también en el Santiago Bernabeu, contra el Valencia. 4-3 tras una prórroga, con gol incluido de Zabalza antes de que se llegara al tiempo extra. No fue un Crack pero si un jugador importante en el esquema del Barça, fue un jugador luchador y decisivo en varios partidos con el Barça.

En 1974, el navarro se incorporó al Athletic, donde jugó hasta 1976. Fue internacional absoluto 7 veces en la fase de clasificación para el mundial de Mexico 1970.